司法院及最高行政法院委託智慧財產法院於109年8月17至19日舉辦「109年度高等行政法院法律座談會」，分別就各類行政法及行政訴訟法相關議題進行研討，以充分溝通法律見解。此次座談會共討論8則議題，其中兩則為與智慧財產權相關之議題，其決議要旨如後：
- 申請人對商標申請異議，經作成「異議不成立」之處分後提起訴願，訴願決定認為商標之註冊有違註冊時商標法第23條第1項第13款及現行商標法第30條第1項第10款規定等情，而為「原處分撤銷，由原處分機關另為適法之處分。」商標權人對訴願決定不服提起行政訴訟，經判決駁回商標權人之訴，其提起上訴，亦經最高行政法院判決維持訴願決定，駁回上訴確定（下稱前案）。智慧財產局重為處分，在沒有新事實與新證據情況下，作成「系爭商標之註冊應予撤銷」之處分，商標權人不服，復提起訴願，訴願決定維持原處分而駁回訴願，商標權人遂提起行政訴訟（下稱後案），則後案是否為前案既判力所及，而得依行政訴訟法第107條第1項第9款規定裁定駁回？會議多數認為對於訴訟標的之既判力與既判事項之拘束力兩者並無相違，而爭點經前案於終局判決裁判，法院即不得為與該確定判決意旨相反之判斷。
- 舉發人以專利違反審定時專利法第22條第1項、第2項及第26條第 1項規定，主張其不具新穎性、進步性及充分揭露要件而應予撤銷為由提起舉發，經智慧財產局審查後，認定系爭專利符合新穎性及充分揭露要件，然認為不具進步性，而作成「舉發成立，撤銷專利部分請求項之審定（下稱原處分）。專利權人不服，提起訴願，經訴願機關決定駁回，專利權人提起撤銷原處分及訴願決定之訴，經法院裁定命舉發人參加訴訟。專利權人於行政訴訟中主張系爭專利具有進步性，而舉發人主張系爭專利是否不具新穎性及充分揭露要件之爭點雖未經訴願機關審酌，但該爭點既為其於舉發階段所主張之舉發事由，且業經原處分審酌，則請求法院於行政訴訟階段仍予審理。則法院應否審酌系爭專利是否不具新穎性及充分揭露要件之爭點？會議決議認為舉發人對系爭專利不具新穎性、進步性及未充分揭露之有效性自始即有爭執，因原處分認為系爭專利部分請求項不具進步性，而舉發成立，此一審定結果符合舉發人提起本件舉發之目的，訴願決定復維持原處分，舉發人自無法就此部分審定提起訴願及行政訴訟。惟不能因此即謂舉發人對於系爭專利該部分請求項不具新穎性及未充分揭露等爭點不爭執，而認其不得於行政訴訟就同一理由再為爭執。