一、真正權利人的救濟途徑
(一) 專利申請權及專利權利歸屬爭議，其可救濟權利的途徑為何？是依據民事訴訟或者行政舉發程序救濟？兩種救濟途徑是擇一，或者為排他的程序？實務上非無爭議。
(二) 爭議的原因為專利法71條第1項第3款後段及第2項規定：發明專利權人為非發明專利申請權人，利害關係人得向專利專責機關提出舉發。同法第35條復規定，於該專利案公告後二年內提出前述舉發者，可於舉發撤銷確定後二個月內就相同發明申請專利，以該經撤銷確定之發明專利權之申請日為其申請日。另一方面，民法對於侵權行為、不當得利或債務不履行，亦分別有所規範，符合法律構成要件者，可據以提起民事訴訟。行政及民事救濟途徑各有不同適用要件，如何調和兩種法律規範及權利救濟體系，導致實務不同意見。相關法律見解概分為以下情形：
1. 承認真正權利權人可選擇依行政或民事訴訟途徑主張權利，且雙軌制的各審查機關可以互相尊重彼此審理權之方式，調和程序之進行：
(1) 具代表性者為智慧財產法院100年度民專上字第17號確定判決，謂：真正專利申請人於(現行專利法第35條)二年之法定期間內為舉發或復為申請，僅生能否擬制申請日，而可藉由撤銷該專利，進而以重新申請專利之方式，取得該專利而已，即便已逾該條之法定期間，真正之專利申請權人當然仍得選擇舉發撤銷該專利，又或依專利法第10條規定以民事確認判決申請智慧局以變更權利人之方式取回專利權，亦或依不當得利之規定請求冒充申請者返還該專利權，以維護其權利(智慧財產法院104年度民專上字第22號民事確定判決亦同前意旨)。
(2) 2019年版專利審查基準第4.3.1.1 有關專利申請權人之爭執，建議：「對於專利申請權之私權歸屬，非專利專責機關所得管轄且屬事實認定，利害關係人如有疑義或認為侵害其權益，應循司法救濟程序解決。」，對於民事以及行政雙軌程序進行之秩序，審查基準第4.3.1.1.3 亦載明：「真正專利申請權人為取得復權資格，於原專利案公告後 2 年內提起舉發，如當事人主張其已循私法（調解、仲裁或判決）途徑確認私權爭議者，得檢附相關證明，申請暫緩舉發案之審查。」
2. 亦有認為只可循專利舉發及行政訴訟救濟，不可另依民事訴訟主張權利者：
(1) 例如近日最高法院109年度台上字第2155號民事判決，表達其法律見解，認為：審理智慧財產事件之民事法院對於行政權之行使，僅得為適法之監督，而不應越俎代庖，就行政行為自為行使。故民事法院縱依智慧財產案件審理細則第2條第2款規定，得於專利權利歸屬或其申請權歸屬爭議事件，自為判斷專利權有無應撤銷或廢止之原因，該自為判斷仍應居於補充地位，無權就專利權逕行予以撤銷或廢止。當真正創作人與新型專利權人發生新型專利權權利歸屬爭執時，除雇用人與受雇人間得依專利法第10條規定，向專利專責機關申請變更權利人，或當事人間達成讓與新型專利權之協議外，僅得依專利法第120條準用同法第35條之規定，由真正創作人於該專利案公告後2年內，以違反專利權人為非專利申請人之規定提起舉發，並於舉發撤銷確定後2個月內就相同創作申請新型專利，以該經撤銷確定之新型專利權之申請日為其申請日。
(2) 對於審查中之專利申請案，縱使無法提出舉發，採此見解者，亦不認為主張為真正創作人者有權另行提起民事訴訟：
① 前述最高法院109年度台上字第2155號民事判決理由即謂：「真正創作人未經專利專責機關依法公告給予新型專利權之前，得否逕認其新型專利權受潛稱專利申請權人侵害，而依侵權行為規定請求潛稱專利申請權人回復原狀，移轉該新型專利權予己？又不當得利係指無法律上原因受有利益，致他人受損害而言，受益人所受利益與受害人所受損害間，須有因果關係存在。僭稱專利申請權人取得之新型專利權係專利專責機關所給予，真正創作人未經專利專責機關依法公告給予新型專利權之前，可否認其所受損害即為該新型專利權，而請求返還該新型專利權？亦均非無進一步推究之餘地。原審未說明所憑依據，逕認被上訴人得依侵權行為及不當得利規定請求上訴人移轉系爭專利權予己，不免速斷，並有判決不備理由之違法。」
② 司法院101年度「智慧財產法律座談會」「民事訴訟類相關議題」第5號提案及研討結果提出：在專利申請經智慧局審查認定應授與專利權之前，僅為取得專利權之期待權，專利法未規定侵害專利申請權者，應負損害賠償責任。又專利權之發生為專利專責機關本於行政權作用所核准，故未經智慧局核准取得專利權之前，主張被告專利抄襲其發明技術者，即無從基於民法第767條所有人之物上請求權，請求將爭議專利權移轉予原告。
二、專利法修正草案統一規範以民事訴訟解決爭議
(一) 前述見解均非無據，為避免爭議，並考量專利申請權或專利權歸屬之爭議，常涉及當事人間之私權糾紛，例如僱傭、承攬、繼承、冒名、剽竊等，此等權益糾紛之釐清，非屬專利本身之技術性專業判斷，實務上專利專責機關難如法院可實質調查其真實權利歸屬，因此109年提出之專利法修正草案已對應刪除現行專利法第71條第3款之舉發事由，及同法第35條擬制申請日之規範，並於刪除理由說明：就專利申請權及專利權之歸屬有爭執者，以民事訴訟解決爭議，再依修正草案第10條規定，附具確定判決或足以確定權利歸屬的證明文件，向專利專責機關申請變更權利人名義。
(二) 惟草案尚未通過，最高法院又於近日以判決對於實務操作模式表達質疑，過渡期間的實務發展如何，仍有待觀察。