為確保研發等投資成果，製藥廠無不致力於快速並完整的取得智慧財產權利保護網絡。在大多數案例中，智慧財產權利之執行效率十分重要，但對於製藥廠而言，過早註冊商標並非全然有利，適時申請註冊更為關鍵，智慧財產法院108年度行商訴字第126號行政判決揭示之背景即為一例。
在本案中，X公司於民國(下同)105年9月9日受移轉取得前手於102年8月9日註冊之「BARRIGEL+logo」商標(指定使用於申請註冊時第5類的「前列腺癌放射療法時用以保護直腸之凝膠」商品及第10類的「醫療器具及儀器」商品，下簡稱系爭商標)。Y公司以系爭商標指定使用於第5類之商品有違反商標法第63條第1項第2款規定「無正當事由迄未使用或繼續停止使用已滿三年」之情形，於106年9月4日申請廢止其註冊，經智慧局審查，於108年4月12日為「系爭商標指定使用於第5類商品之註冊應予廢止」之處分，嗣訴願決定機關及智慧財產法院均維持前述決定。
X於相關救濟程序主張，其具有以下無法使用商標之正當事由，請求撤銷廢止其商標註冊之行政處分：
(1) 由於系爭商標商品之製造技術有侵害歐盟第EP1536746號專利權之虞，在專利爭議未決之前，X無法商業化量產並銷售系爭商標商品：
X已在歐盟對於爭議的第三人專利提起異議，歷經審查、訴願，遲至2017年7月11日歐洲專利局訴願委員會始作出駁回第三人訴願申請之決定，並判定該爭議專利應予撤銷。在專利爭議未決之情形下，倘X無視第三人註冊專利之存在，進行系爭商標在醫療用凝膠商品之製造及銷售，將有侵害他人註冊有效專利權之虞。前述爭議專利係由第三人申請註冊，顯非X所能掌控、更無預見及避免之可能，X僅得對該第三人之專利註冊提出異議以排除使用上之障礙，若X不顧該專利之存在，而製售系爭商標商品，將侵害他人有效註冊之專利權，此為法律所禁止之行為，足見X係基於「受迫性」之客觀事實未能使用系爭商標，而非主觀上自行不使用，有不可歸責於己之事由，存在事實上無法商業化使用系爭商標之障礙。
(2) 系爭商標商品均為國外製造後進口至臺灣銷售，且該商品為具使用風險之醫療產品，其製造必須具備相當之專業與技術，非易於委託製造之一般消費性商品，因此在台灣難覓適當的授權製售機構。
智慧財產法院並未採納X的主張，於判決理由內闡明商標不使用的「正當事由」適用要件及案例如後：
(1) 基於商標註冊屬地原則，系爭商標有無使用是以在台灣境內有無實際使用於指定商品之證據為斷，至於X提出在歐盟等國的第三方認證或註冊等資料與系爭商標之使用無關。
(2) 商標法第63條第1項第2款所稱之「正當事由」是指商標權人由於事實上的障礙或其他不可歸責於己的事由，以致無法使用註冊商標而言。其情形例示如下：①藥品上市之前必須向藥政主管機關申請審查通過才可以上市，在審查通過前，可認為是不能使用的正當事由。②台灣尚未開放大陸地區產製之酒類商品進口來台銷售，可認為是不能使用的正當事由。③海運斷絕，原料缺乏或天災地變，以致廠房機器有重大損害，一時不能開工生產或銷售等情形，均屬不能使用的正當事由(註冊商標使用之注意事項3.3參照)。又所謂不應歸責於己之事由，係指依客觀之標準，以通常人之注意，而不能預見或不可避免之事由；若僅主觀上有所謂不應歸責於己之事由者，即非屬之(最高行政法院97年度裁字第2499號行政裁定、100年度判字第996號行政判決意旨參照)。
(3) X所稱在歐盟涉有專利爭訟一事，與前述列舉海運斷絕等天災地變之事實上障礙，並不相當，且均非「客觀上」不可歸責於X之事由：
① 歐盟及台灣專利權之取得及保護均係採屬地主義，在其他國家地區涉有侵害專利權，不必然在台灣亦有相同情事。況於台灣，藥品必須向藥政主管機關申請審查通過才可以上市，然系爭商標於103年2月16日獲准註冊至今，X均未提出其有向台灣藥政主管機關申請審查之事證，難認未使用系爭商標有何正當事由。
② 由X所述其相關商品皆為國外製造後進口至臺灣銷售，難於台灣另覓未曾合作廠商代為製造等語，亦可觀出其未能在台產製藥品及使用商標，係因企業基於自身商業政策之決定，屬其自發性之策略訂定，非屬依客觀標準不能預見或不可避免之事由。
③ 系爭商標指定使用之第5類商品，其相關商品種類繁多，並非僅限於X所指「有侵害他人權利之商品」，且商標使用之定義依法並非僅限於使用於指定之商品，將商標用於與商品或服務有關之商業文書或廣告亦屬之(參見商標法第5條第1項第4款)。縱依X所述其原先欲產製之商品有侵權疑慮，X亦可以取得授權、協商，或迴避設計、變更設計等方式產製不侵權之商品，並將其商標使用於相關商業文書或廣告，即足當之。
④ 系爭商標商品之技術是否取得專利，應屬相關技術能否受到專利權保障之問題，本與系爭商標之使用與否無涉。X一方面主張其因專利爭議程序而無法商業化量產並銷售系爭商標商品，另一方面又自承其持續進行系爭商標商品之研發、市場開發、推廣及合作試用計畫，顯然未受專利爭議程序之影響，均顯見X未量產及銷售系爭商標係基於自身因素考量，自行不使用之情形，因屬其自發性之策略訂定，自非客觀上無法使用系爭商標之情形，不符合商標法第63條第1項第2款之正當事由。
本件判決理由尚符合國際間對於藥品相關商標使用有無正當理由的判斷標準。以歐盟法院為例，判斷有無不使用商標之正當理由，其標準為「屬於商標權人無法控制的因素，與該商標充分直接相關，且客觀上無使用的可能性」，因此，「藥品臨床試驗階段」原則上雖可作為商標無法真實使用的正當理由，但倘若是可歸責於商標權人(例如：缺乏資金投入)而致臨床試驗完成的重大延誤，法院仍否准其正當性(Viridis Pharmaceutical Ltd v EUIPO, case C-668/17)。相關案例顯示，藥廠在決定是否註冊藥品相關商標前，恐有需先評估其商品客觀上行銷之可能性，以因應可能被申請廢止之風險。