經濟部智慧財產局為落實專利法施行細則第三十九條規定，使專利審查中公眾審查之第三方意見制度更為完善，於109年8月25日訂定發布「發明專利申請案第三方意見作業要點」。茲說明重點如下：
何謂第三方意見？第三方意見是指，申請人以外之第三人，可提供與申請案相關的引證文件，來幫助審查人員獲得更多與專利申請案相關的先前技術文件，並在審查過程中參考使用，以達到公眾審查以及提升專利品質之目的。
提交意見期間：第三人在申請案繫屬於智慧局審查期間，均可向智慧局提交第三方意見。換言之，於發明專利申請日起直到審定前為止，第三人皆可提交意見，而且不限於初審期間，若有再審查，於再審查審定前也可提交。
應填具檢附之文件：第三方提交意見，應填具發明專利申請案第三方意見書，並附具引證文件書目表、理由書及相關事證文件。
第三方意見書填寫時應注意事項：
- 「申請案號」欄位：應填寫發明專利案申請案號。值得注意的是，因發明申請案未公開前即可提交第三方意見，如針對一案兩請而尚未公開之發明專利申請案提交意見，得填寫已公告之對應新型專利申請案號。
- 提交方式：以書面或智慧局提供之電子方式提出，不需繳納規費。
- 補件機制：智慧局不接受提交人主動補件；但若提交人認為其所送意見內容有重大缺漏而欲主動補充意見內容時，提交人可對相同申請案重新再次提交第三方意見。
智慧局對第三方意見之處理原則：
- 第三方意見經審酌未具體明確，其內容、理由或證明文件明顯無法辨識，或與申請案無關者，第三方意見未依規定提交，或發明專利申請案經撤回、不受理或審定者，智慧財產局得不予處理。
- 第三方提交意見後，智慧局應通知發明專利申請案申請人有第三方意見送達之事實；但不須就該意見之處理情形及發明專利申請案之審查結果通知第三方。
- 第三方意見提交之引證文件書目表，於發明專利申請案早期公開或審定公告後，公開於智慧局專利公開資訊查詢系統。