專利申請案，以生物材料或利用生物材料為標的者，當生物材料並非所屬技術領域中具有通常知識者易於獲得時，為符合據以實現的要件，通常需要針對該生物材料進行寄存。關於寄存，國際上有《布達佩斯條約》，提供「一國寄存，他國承認」之便利。
但是，台灣並非《布達佩斯條約》之會員。因此，即便申請人已將生物材料寄存於滿足《布達佩斯條約》要求的國際寄存機構，原則上仍須：
(一) 在智慧財產局指定之寄存機構（目前僅有一家，即位於新竹之食品工業發展研究所，以下簡稱FIRDI）辦理寄存，並且
(二) 於專利申請日後4個月內（或最早之優先權日後16個月內）將寄存暨存活證明提交至智慧財產局。
例外則是：當生物材料寄存於英國、日本或韓國官方認可之寄存機構時，才不須在台灣辦理寄存，這是因為此三國與台灣各自定有雙邊協議。
除了上述專利法之規定外，非本地專利申請人將生物材料輸入台灣辦理寄存時，還可能必須取得其他台灣行政機關（例如關務署、農業部、衛生福利部等等）的許可。對此，非本地專利申請人宜提早研究、準備，以免不能及時將寄存暨存活證明提交至智慧財產局。
依據實際案例經驗，取得行政機關輸入許可的所需時間長短不一，某些種類的生物材料甚至可能因法規限制而在取得許可上有相當的困難度。即使獲得輸入許可，海關仍可能對生物材料實施檢疫等程序，進一步影響完成生物材料寄存的時程。此外，FIRDI在收到生物材料後，需要至少3至4週的時間來確認生物材料是否可培養並存活，確認存活後才會核發寄存暨存活證明。
上述種種因素皆可能導致申請人無法及時於法定期限內將寄存暨存活證明提交至智慧財產局，而功虧一簣。
此外，在台灣辦理生物材料寄存之費用，非本地專利申請人亦不可不知。FIRDI辦理生物材料寄存案件會收取大約1200至1800美元的規費，且某些性質特殊之生物材料的寄存規費可能更高。至於輸入生物材料所衍生之運費、海關通關等費用，非本地專利申請人亦應列入考量。
因此，對於需要辦理生物材料寄存之專利申請案，非本地專利申請人若想避免上述風險與費用，可考慮先辦理國際寄存，並且將生物材料寄存於英國、日本或韓國官方認可的寄存機構，例如：
- 日本的「獨立行政法人製品評價技術基盤機構特許生物寄存中心（NITE-IPOD）」或「獨立行政法人製品評價技術基盤機構特許微生物寄託中心（NPMD）」；
- 韓國的「韓國菌種保藏中心(KCTC)」、「韓國微生物保藏中心(KCCM)」、「韓國細胞株研究基金會(KCLRF)」或「韓國農業遺傳資源保藏中心(KACC)」。