在台灣，非真正的專利申請權人申請並取得專利後，真正專利申請權人是有機會取回該專利權。取回的方式可選擇選用民事確認真正專利申請人的確認之訴，勝訴後自非專利申請人處繼受取回該專利權。另一種方式是利用專利舉發制度，即真正申請人以專利權人非真正申請權人為理由提出舉發並因此理由成功地撤銷該專利權。若真正專利權人該專利案公告後二年內提出前述舉發，並於舉發撤銷確定後二個月內，以相同案件申請專利者，以該經撤銷確定之專利權案之申請日為其申請。如此方式獲到的專利權是否與民事上確認之訴繼受取回原先公告的專利權相同的呢？民國114年3月13日經法字第11417300200號訴願的判決或可以窺見智慧財產局與其上級行政機關─經濟部訴願機關，就此分歧見解。
案件事實，簡化如下
甲在2017年3月以設計專利說明書向TIPO提出專利申請，經審查後取得專利，並在2017年12月公告，公吿號與證書號皆為X（以下稱前系爭案）。之後，B在2019年10月（即公告之日起2年內）以專利權人為非真正的專利申請權人提出舉發，經審查後，TIPO作成「舉發成立，應予撤銷」的舉發審定。甲不服，對該審定提起訴願，訴願機關作成訴願駁回的決定。甲對訴願駁回的決定仍不服，續提起行政訴訟，但一段時間後，又撤回該行政訴訟，並使得TIPO作成「舉發成立，應予撤銷」審定確定。值得注意的是，此案件由提起舉發之日起算花了約4年半的時間才最終獲得舉發成立確定。
乙在舉發成立確定後2個月內依專利法35條以與前系爭案專利說明書相同內容向TIPO提出專利申請，TIPO重新給予新申請號（以下稱後系爭案）。由於專利法第35條明定，此申請之案件不再公告。因此，乙申請後，約4月後就收到TIPO發出專利證書，且公告號不變且給予乙新的證書號Y。乙雖有新證書號，但TIPO在來文中同時指出原先甲專利權早已過了可以回復年費之期間，此專利權已是當然消滅。最終，乙只取得一張專利證書且因甲的專利權消滅確定，完全無法取得專利權。乙對無法取得專利權之處分不服向訴願機關提出訴願。
首先要說明的，台灣專利法有關年費逾期繳交的規定是，任何人皆可以繳交年費，且年費應在年費到期日前繳納，逾期未繳，專利權人有半年的補繳寬限期，若是過了前述半年寬限期，專利權人還有自寬限期後滿一年申請回復專利權之復權期間。若寬限期與復權期限皆逾期，專利權就溯自年費到期日之次日起當然消滅。
訴願機關對此案提出的第一個問題就是甲的前系爭案，與乙依據專利法第35條提出的後系爭案，二者是何關係。是否會因甲不繳交年費讓前系爭案的專利權消滅確定，而致乙無法取得有效專利權呢？
訴願機關首先考量專利法第35條的目的，真正專利申請權人申請取得其基於專利申請權所生之專利權；且為避免真正權利人後申請之案件因先前冒充申請並經公告之專利案致喪失新穎性或進步性而無法獲准專利，擬制以經撤銷確定之前案申請日作為後案之申請日；因後案所揭露之技術已依法公告在案，為避免使第三人誤認相同專利技術內容取得2次專利權，因此專利法第35條第2項特別規定依該條申請之案件不再公告，而係援用前案之公告日作為其取得權利日。是以，專利法第35條之目的旨在除去原先因被非真正專利申請權人冒充申請取得之非法專利權，同時確保真正專利申請權人可獲得本於自己專利申請權原得享有之專利權。縱使乙申請的後案申請日及公告日皆與原專利案相同，後系爭案既非直接移轉既有且已被舉發撤銷的原專利權內容予真正專利申請權人，自仍屬獨立之申請案。
後系爭案之申請日及公告日雖援用前系爭專利，但與前系爭專利非屬同一案件，乃係申請人（即本案訴願人）本於真正專利申請權人身分另行獨立申請之專利，而非直接移轉既有且已被舉發撤銷的前系爭專利，故前系爭專利縱已當然消滅，其失權效果仍不影響後系爭專利之存續性及有效性。否則，真正專利申請權人可能因非真正專利申請權人之惡意行為（如怠繳年費），而於成功舉發撤銷被非真正專利申請權人冒充取得之非法專利後，仍只能取得一權利受損甚至完全失權的專利權，實有悖於專利法第35條保障真正專利申請權人之本意。
就此TIPO雖抗辯，真正專利申請權人亦可繳納專利年費，以達維護專利權之目的等語。惟查，專利年費之繳交義務人應為專利權人，在原專利尚未被舉發撤銷確定前，舉發人之於原專利仍僅為第三人，其是否負有主動繳納原專利年費之義務，同時應負擔因未繳納年費而失權之責任，不無疑義。因此，訴願機關撤銷原處分並發回TIPO重為處分。
對此一訴願決定，TIPO已於2025年6月重為處分，但其在再度發給證書同時仍維持因未能適時繳費用而專利權消滅之見解。詳言之，TIPO的所提出的理由是，既然如訴願機關所稱，後系爭案是獨立案件且沿用前系爭案之申請日及公告日。既沿用該公告日，後系爭案之第2年年費因未於補繳期限屆滿前繳納第2年年費，因此，後系爭案之專利權仍是當然消滅。後系爭案之專利權人仍不服，目前尚在訴願中。
就此個案，真正的專利權人是否可以取回有效的專利權，目前尚未有最終的結論。但對於屬於誰是真正專利權人之爭議，由於專利年費是任何人皆可繳納，真正專利權人不論是用民事之確認之訟或者專利之舉發制度想要取得有效專利，一定要注意到，需要讓維持該具爭議案件專利權有效（即本案前系爭案），是至為重要的。特別是，此類爭訟恐花費數年，名義上專利權人但實質上非真正專利權人，極可能因無利益或未來無法使用，消極地不交納年費以讓專利權消滅確定，進而致真正權利人無法回復的消滅。此點不得不慎。