在醫藥產業中，藥廠在對於新穎化合物尋求專利保護之外，一般會再就該化合物之後續開發進一步申請其他相關專利，包括新晶型、新衍生物、新配方/劑型、新製備方法和/或新醫藥用途等；藉此，其藥品之保護期限亦獲得延長。
以新晶型為例：由於小分子化合物通常具有多晶型(polymorphism)之性質，因此，透過使用不同溶劑或結晶條件的控制，該化合物分子之原子在晶格中因具有不同的三維排列，可呈現不同的固體結晶型態(晶型)，而各晶型可能產生不同的物化特性，如溶解度、穩定性、吸濕性、生體可用率(bioavailability)、可加工性等，進而可能影響藥物之臨床療效和安全性等。
隨著製藥技術的演進以及製藥產業的需求，一般認為相關領域技術具有通常知識者人員理應有合理動機嘗試並以例行之實驗方法來篩選並製備出具有更優異性質之特定晶型。因此，晶型發明要取得專利權之難度與日俱增。即便審查階段已被認為相較先前技術具有進步性（如具有無法預期的技術效果），晶型專利之有效性在侵權訴訟中仍受到嚴格審視，而學名藥廠選擇不同晶型來製藥而迴避專利，亦非罕見。
晶型專利在權利行使上的特殊難點，可由後文介紹之智慧財產與商業法院（下稱智財法院）兩件判決見其一斑。此兩件判為：
- 智財法院110年度民專訴字第8號民事判決（2021年11月30日作成）；
- 智財法院111年度民專訴字第51號民事判決（2023年4月10日作成）。
此兩件訴訟，皆為關於西藥專利連結之侵權訴訟。原告皆為拜耳保健有限責任公司（Bayer HealthCare LLC；下文簡稱拜耳）。被告分別為「健喬信元醫藥生技股份有限公司」與「美時化學製藥股份有限公司」，都是台灣學名藥廠。
此兩件訴訟中，拜耳之涉訟專利不只一件，但晶型發明專利僅為中華民國第I382016號「甲苯磺酸鹽之熱力學穩定形式」發明專利（下稱系爭專利）。後文之討論，皆以此為焦點。
♦ 110年度民專訴字第8號民事判決
系爭專利主要提供一種特定結構之式(I)化合物之熱力學穩定多晶型，其可預防另一多晶型之非所需轉換，以避免藥物製劑製造時產生不欲之晶型轉換，導致影響式(I)化合物製劑之溶解度及生物可利用性。系爭專利說明書亦記載相較於該化合物之其他兩種多晶型與乙醇及甲醇溶劑合物，所保護之特定多晶型在室溫下係熱力學穩定的，而且甚至在經懸浮加工後係儲存穩定的，因此特別適合用於醫藥調配物。由於被告對於其學名藥品落入系爭專利之專利權範圍並未爭執，因此本案聚焦於系爭專利是否應予撤銷。
智財法院在審理相關證據後認定：習知技術雖未明確揭露系爭專利中藉由X射線繞射、IR、Raman、NMR等光譜分析法、或TGA、DSC等熱分析方法之數值來界定之特定多晶型，但已揭露同一藥物活性成分之不同多晶型可能具有不同之物化性質，為避免影響後端藥物之品質、安全性、有效性及可製造性，有需從中鑑別出穩定之多晶型。據此，該發明所屬技術領域中具有通常知識者自有合理動機選擇合適且穩定的晶型來製備藥物製劑，並經一般例行性試驗（有如：再結晶試驗或自動化結晶模擬系統）而能輕易完成系爭專利之發明。
此外，原告主張系爭專利的特定結晶型除熱力學穩定外，亦因其於研缽研磨30秒時未改變型態而相較於其他晶型可展現「機械應力穩定性」，故具有無法預期之功效。但智財法院認為：由相關證據可知穩定態多晶型相較於亞穩態多晶型，需吸收較高活化能方能轉換為自由能較高之非晶型態，此可理解為，穩定態多晶型對於研磨過程所施加之活化能具有較高的抵抗能力，而不會導致晶型轉換，故熱力學穩定性與機械應力穩定性，兩者本質相通，且具有正向關聯性，該發明所屬技術領域中具有通常知識者當可合理預期，穩定態多晶型具有較高的機械應力穩定性。
又，原告以其專利藥品獲得商業上之成功來主張系爭專利具有進步性。但法院認為：蕾莎瓦膜衣錠(Nexavar® film-coated tablets)仍因該系爭專利尚未屆期而獨佔台灣藥品市場，其獲得商業上之成功並非僅單純是直接由發明之技術特徵所致，因此不採原告之主張。
♦ 111年度民專訴字第51號民事判決
由於被告之學名藥品於起訴時尚未上市，因此，拜耳主張應由被告證明不侵權並提供系爭學名藥品進行鑑定分析。但智財法院不接受拜耳之主張。法院認為：被告辦理查驗登記時就系爭學名藥品提出之資料，即足以代表系爭學名藥品本身，並可成為侵權判斷之標的。
關於侵權與否之爭議，智財法院認定：依據藥品查驗登記審查準則之規定，學名藥係指：「與國內已核准之藥品具同成分、同劑型、同劑量、同療效之製劑」，故系爭學名藥品應與已核准之系爭專利藥品具有相同活性成分（即sorafenib tosylate），但尚不足以認定兩者具有相同多晶型態。由系爭學名藥品查驗登記資料可知，系爭學名藥品之結晶型態與系爭專利藥品所呈現之結晶型態不同，故未落入系爭專利之專利權範圍。
智財法院進一步判定，即便原告主張在錠劑製造過程中，經過研磨粉碎、噴霧造粒、乾燥、打錠（壓片）等過程，系爭學名藥品有效成分之晶型「可能」會經晶型轉變而成為系爭專利之最穩定多晶型，惟，此晶型轉變並非「必然」發生，現有證據資料尚無從確認，自難依據上開原告主張而認定侵權。
建議
晶型專利能夠為原廠藥品提供在化合物專利以外之第二層保護。但是，由於製藥領域技術日趨成熟，晶型專利之進步性門檻隨之提高。
在此情況下，就原廠藥尋求專利保護時，在專利說明書之佈局上，可考慮以下做法：
- 從更多方面呈現特定晶型具有經改良或無法預期的物化性質。
- 適度提供與其他非所欲之晶型的比較實驗數據。
- 為增加此等實驗數據之信服程度，最好是在此技術領域慣用或國際公認的客觀測試條件下（如國際公認或此業界所慣用者）進行實測。