智慧局在2022年6月初預告將修正專利實體審查基準第二篇部分內容，現已定案，即將在2022年7月1日生效。此次修正之重點，在於釐清現行審查實務中常遭遇到的幾項問題，但不涉及制度面的調整；簡要分析如下。
一、一案兩請，新型專利遭舉發成立但尚未確定，對應發明案應如何審查？
同一申請人就相同創作，於同日分別申請發明專利及新型專利，為一案兩請。一案兩請，因新型採取形式審查，通常先取得專利權而可能遭到舉發，此時，發明案之審查程序應如何進行？舊審查基準無明文規定。
就此問題，此次修正內容明定：
(一) 原則上，一案兩請中，「相同創作之新型與發明」審查結果應一致。基此原則，若發明申請案尚在審查中，而新型舉發案經審定舉發成立但尚未確定，則智慧局對於發明申請案，原則上應等待新型舉發案行政救濟確定後，再續行審查。
但倘若存在特別的個案情形（例如：已有明確事證可認定發明案不具專利要件），或者發生情事變更（例如：發明案因修正請求項，與新型請求項已非屬「相同創作」），此時，審查人員於參酌新型案舉發之證據後，可以對發明申請案進行審查，不必等待新型舉發案行政救濟確定。
(二) 發明申請案核准審定後至發明公告前，若新型舉發案經審定舉發成立但尚未確定，此時，審查人員應自撤發明申請案之核准審定書，重為審查，以符合「相同創作之新型與發明」審查結果一致之原則。重為審查後，應遵循之原則同前。
二、尚未收到審查意見，可否直接以排除（disclaimer）方式修正請求項？
在專利審查中就說明書或請求項修正之內容，若非屬由申請時說明書、申請專利範圍或圖式所揭示或所能直接且無歧異得知者，則此種修正原則上會被視為引進新事項而不被允許。
然而，用排除（disclaimer）方式修正請求項，亦即排除與先前技術重疊部分之技術內容，在一些情況下可例外允許，即便所排除之內容並不能由申請時說明書、申請專利範圍或圖式所揭示或所能直接且無歧異得知。按照舊審查基準，申請人收到審查意見通知之後，若為克服不具新穎性、擬制喪失新穎性或不符先申請原則之引證文件時，而用排除方式修正請求項，可例外地不被視為引進新事項，屬於可接受之修正（請參見本所2020年12月之報導）。惟，若申請人於收到審查意見通知之前，主動採用排除方式修正請求項，排除其中與先前技術重疊部分之技術內容，舊審查基準並無容許之明文。
此次審查基準修正，就此問題明定：申請人可以主動採用排除方式修正請求項，但必須在進行修正時一併提供所欲排除之先前技術文件並敘明理由。若未提供並說明理由，該排除式修正會被視為引進新事項，導致修正超出說明書之揭露內容而遭核駁。
允許申請人主動採用排除方式修正請求項，為專利申請策略之擬定帶來更多彈性。舉例而言，當申請人向智慧局提出PPH（即「專利審查高速公路」）申請，請求加速台灣案審查時，通常必須同時對台灣案請求項提出修正，使之與外國已核准之對應請求項內容相同。此時，若外國核准請求項已因引證案而為排除式之記載，則申請人對於台灣案，即可援引新修正審查基準，主動採用排除式修正而順利提出PPH申請。
三、更正時適用於誤記之訂正情況？
專利權取得後，申請人若發現有誤記，可主張誤記而請求訂正說明書或申請專利範圍。翻譯名詞前後記載不一致或筆誤，是典型的可訂正誤記。
此次審查基準修正，將實務上容許訂正之其他誤記類型予以明定，包括：圖式之圖號、元件符號以及所容許必要註記的文字，與說明書之記載明顯不一致；各圖式之間明顯不一致而有誤繪之情形等。
又，此次審查基準修正更明定：技術性質的誤記，亦有可能容許訂正。例如：專利權人對於說明書或申請專利範圍中所記載之化學或數學公式提出訂正，若經該發明所屬技術領域中具有通常知識者依據其申請時的通常知識判斷原記載化學或數學公式係屬「明顯疏忽或錯誤」，且除了僅能作如此訂正外並無其他方式時，此時亦得視為誤記且可容許訂正。
四、就生物材料相關發明辦理寄存，寄存機構之證明文件應滿足哪些基本要件？
依據專利法第27條之規定，對於適用寄存程序之生物相關發明申請案，申請人必須在國內寄存構完成寄存，並提出該國內機構出具之寄存證明文件，即所謂國內寄存。不過，提出外國寄存機構出具之證明以豁免國內寄存，是可能的：由於日本、韓國、英國已分別和台灣簽定相互承認寄存效力之協定，因此，這些國家所指定的「該國國內寄存機構」，台灣也認可。申請人若能在台灣案申請日後4個月（或最早之優先權日後16個月）的法定期間內，提出這些機構核發的寄存證明文件，就不必辦理國內寄存。此即以國外寄存代替國內寄存。
有鑒於寄存機構（尤其外國機構）之證明文件種類多樣，此次審查基準之修正明文要求：寄存機構之證明文件必須符合一項基本要求：必須證明生物材料之「寄存事實」及「存活事實」，缺一不可。
關於國外寄存，審查基準之修正進一步明定：
- 如果寄存證明文件，恰好是由布達佩斯條約締約國承認之國際寄存機構核發，則原則上符合上述基本要求。
- 如果寄存證明文件，「不是」由布達佩斯條約締約國承認之國際寄存機構核發，則審查人員將特別注意能否證明該寄存之生物材料已存活。如果認為證明不足，應通知申請人在前述法定期間補送「存活證明」。逾期未補送，視為未寄存。