按台灣智慧財產及商業法院組織法第3條規定，智慧財產及商業法院(下稱智財商業法院)對於因智慧財產權所生之一審及二審民事訴訟事件有管轄權，至於此一管轄權的性質為何？智慧財產案件審理細則第9條固明定為非專屬管轄，但考量為使得智慧財產之民事訴訟事件能儘量集中由專業的智財商業法院依智慧財產案件審理法所定程序來審理，有所謂優先管轄原則，申言之，除非是二種例外情況：一是兩造當事人合意案件由普通法院管轄(下稱合意管轄)；或是原告於普通法院提起訴訟，而被告未反對而為訴訟行為者(下稱擬制合意管轄)，否則普通法院應將案件移送由智財商業法院優先管轄。反之，若當事人捨智財商業法院，有以普通法院作為管轄法院之合意，則智財商業法院也會尊重當事人的意思，由普通法院來管轄(參見智慧財產法院109年度民著抗字第2號裁定)。
觀察台灣法院的實務運作，上述優先管轄原則適用於一審的智慧財產民事訴訟事件固無問題，然而針對二審案件，特別是一審因合意管轄或擬制合意管轄，而由普通地方法院受理並審判的案件，該向何法院上訴二審？以往實務見解在此有所分歧─有認為應向裁判之普通地方法院的管轄高等法院上訴者；亦有認為應向智財商業法院上訴者。觀察最近的實務發展，以台灣高等法院在2022年1月至2月作出幾個相關管轄裁定為例，如111年度上字185號裁定，案件涉及在LED顯示模組技術合作協議中與營業秘密有關契約爭議的民事損害賠償事件；又如109年度重上字第699號裁定，涉及高溫染布機專利技術移轉合作契約爭議的民事契約履行事件；再如110年度抗更三字第56號裁定，涉及離職管理階層擅取原任職公司機台產品設計圖、客戶資料、合約及製造單，並另行設立新公司製造相同機台牟利之民事損害賠償事件。上述三個近期高等法院裁定率皆採取應由智財商業法院管轄二審智慧財產權民事訴訟事件的見解。
高等法院上開裁定的理由中，最主要的法律基礎在於2014年修正的智慧財產案件審理法第19條規定「對於智慧財產事件之第一審裁判不服而上訴或抗告者，向管轄之智慧財產法院為之」，該條文修正前原本規定「對於智慧財產事件之第一審裁判，得上訴或抗告於智慧財產法院」，而修正立法理由揭明：「目前智慧財產第一審民事事件並非由智慧財產法院專屬管轄，倘由普通法院管轄，亦係由各地方法院之智慧財產專股受理，為統一法律見解，其上訴或抗告自『應』由專業之智慧財產法院受理。惟現行條文第2項對於普通法院所為智慧財產第一審民事裁判之上訴或抗告管轄法院，未臻明確，爰酌修第2項之文字，以杜爭議」等語。高等法院更認為，該條文本身雖無「專屬」之用語，但仍足認智慧財產事件之第一審民事裁判經提起上訴或抗告之管轄法院，僅智財商業法院實質上有專屬管轄之權，俾達統一法律見解之功。是以前述之合意或擬制合意管轄，即無法適用於二審的智慧財產民事訴訟事件。換言之，普通法院對二審的智慧財產民事訴訟事件實質上形同無管轄權。
高等法院上述見解，主要是依循最高法院在2019年所作108年度台抗字第381號裁定的意旨。該號裁定中，最高法院另外也引用現行智慧財產案件審理法施行細則第7條第1項規定「本法施行前已繫屬於最高法院或最高行政法院之智慧財產民事或行政訴訟事件，或本法施行後不服高等法院或高等行政法院裁判之智慧財產民事及行政訴訟事件，經最高法院或最高行政法院廢棄者，除由各該終審法院自為裁判者外，應發交智慧財產及商業法院。」為其理由基礎。
總結以上，目前台灣就智慧財產權所生之民事訴訟事件是否應一概由智財商業法院管轄，實務似有針對該事件係繫屬一審或二審(含發回發交更審)之不同而予以分流的發展傾向，僅讓一審有合意管轄或擬制合意管轄適用，而可例外由普通地方法院管轄審判，至於二審則實質形同由智財商業法院專屬管轄。有關台灣智慧財產權民事訴訟事件之管轄問題，目前司法院正參考上述實務發展進行修法中，未來制度面上的可能變革，以及實務後續發展，都值得觀察。