台灣專利法有醫藥品專利延長制度，即第一次取得許可證的藥物可以請求延長涵蓋該藥物的專利權期間，最長可以延長5年。所謂的第一次許可證是以藥物許可證上所載的活性成分與用途之組合予以判斷。又，申請延長專利權期間案件一旦核准，該專利權在延長期間內之權利範圍，及於許可證所載之有效成分及用途所限定之範圍。
近期智慧局駁回一件申請延長專利權期間案件。核駁理由主要是許可證所載之活性成份無法為據以延長之專利案所涵蓋，爭議的中心就是活性成分是特定化合物水合物，是否落入化合物請求項之專利範圍。
在該案件中，在許可證上載明的有效成分是某特定化合物對甲苯磺酸鹽單水合物(以下簡稱化合物水合物)，申請延長專利權案包含有化合物請求項及該化合物的用途請求項。本案爭議的中心化合物請求項「該化合物或其醫藥上可接受之鹽、立體異構體或互變異構體」一詞，是否可以涵蓋到該化合物水合物。在案件審查過程中，專利權人主張本案的許可證是新成分新藥且主成分為特定化合物（free base），雖許可證上有效成分之欄位載明是該化合物水合物，但在仿單中相關的說明以及使用劑量與運作機制機轉皆是以化合物（free base）來論述的。此外，申請人也主張說明書特定段落有揭示系爭發明涵蓋其溶劑合物，例如，水合物，並強調說明書施例中某一個具體實施例製得的化合物由上下文說明可得知是該化合物水合物，故該化合物水合物應解釋為被為涵蓋於化合物請求項中。
智慧局不採用專利權人見解，同時引述先前最高行政法院已確立第一次許可證所載之有效成分是否為申請專利範圍所涵蓋時，係以第一次許可證所載有效成分本身為準，即該化合物水合物；就專利案之化合物請求項文義觀之，所淮請求項是該化合物之鹽、立體異構體或互變異構體 ，並未將水合物涵蓋其中，因而認定第一次許可證所載之有效成分未被涵蓋在請求項範圍內而最終予以核駁。本案遭智慧局如此核駁審定，目前仍在行政救濟中，是否是最終的見解仍留日後的發展。