一、合作研發不僅有益於企業競爭，將研發成果應用於市場也嘉惠公眾，因此近代的共同研發不僅限於私人企業，公共研究機構也被鼓勵與私人企業合作創新，以極大化多方利益。在實踐中，經常以專案形式結合不同單位的人員及其等專業知識技能，基於共同的目標合作進行，並透過商定的條款或條件確認合作方式及其權益歸屬。當共同研發之基礎及成果都涉及營業秘密時，應如何定其權益歸屬及未來利用方式(例如，是否申請專利或者持續保密)，因合作的目標與性質而異，而不同領域的合作者經常抱持相異之研發目的，進而導致潛在利益衝突及法律風險，本文即介紹如何在合作研發中有效管理營業祕密。
二、合作研發所涉營業秘密管理之特殊性
(一) 建立合作中的信任關係－處理法律、文化之差異性
1. 多元的法律規範：
跨境共同研發首先面對的是各國法律有別的情形，雖然目前各國法律對於「受保護之營業祕密」基本要件相同，但實踐上，營業祕密利用與執行之相關法律仍超出狹義營業祕密的範疇，可能及於勞工法、隱私及個資保護、財產權、契約法、民刑事法律程序及科技出口管制和稅務法令。宜留意各國法令的差異並透過契約安排或合理的法律選擇來填補空缺。
2. 文化差異：
對於跨國團隊，可透過營業祕密相關教育訓練，使成員適應多元文化團隊，建立信任和資訊共享機制。
3. 組織文化和經營策略的差異：
相關合作者(包括研究及管理人員)可能因原隸屬於不同之組織而各自具有不同的工作價值觀及目標，宜基於合作研發擬達成之共同目標，由合作成員共同確認團隊應遵守之工作規則，以幫助團隊和成員之協調與運作。
(二) 合作研發過程營業祕密之模糊性
1. 用語定義的模糊性
合作關係中，對於公開、祕密、機密等用語可能因組織/地區不同而有相異的定義與理解，例如有將「機密」涵蓋隱私、安全等更廣泛的適用範圍，合作開發前宜先就看似常見的用語為統一定義。
2. 研發早期階段的不確定性
產品開發前的階段，從構思、研發、產品設計到市場分析，被稱為「模糊前端」，因為有無研發成果、或者商業化與否都不明確。管理此階段產生的資訊以保持對創新的主控性，或者保留未來尋求不同智慧財產權(以下簡稱IP)之可轉換空間至關重要；但由於祕密態樣的多樣性，其持有者亦難以預測發展過程中有需共享的範圍。此階段之營業祕密管理有需在「明確性」和「靈活性」之間取得平衡，且「祕密」與否也可能隨時間之經過而有變化。
3. 專利申請後的營業祕密保護
為滿足專利申請新穎性的要求，在提交申請前須保持資訊的機密性。大多數國家專利局在專利申請後亦不會立即公開資訊，從申請到公開通常有18個月的期間，因此於專利公開前，申請人仍可享有營業祕密之保護。營業祕密的持有者仍可在專利申請公開前選擇撤回申請，以維持資訊之祕密性。專利和營業祕密之保護並非互斥、而是互補關係，以助組織在競爭中保持優勢。
(三) 綜上，合作研發之各方在所屬產業領域、國籍或隸屬組織管理方式上的差異越大，對IP如何管理可能產生的分歧即越高，在合作研發成果本身的價值和定義隨時間推移具有不確定性之影響下，也使營業秘密的保持更加複雜。因此，對於多重領域或者重要的研發合作項目，特別創設IP管理職能是有意義的做法。
三、不同合作階段的營業秘密管理
(一) 「洽談」合作階段
利用保密協議，明確規範協商之目的、機密資訊使用範圍，及洽談終止後對於機密資訊的處理方式，可有效維護此階段的營業祕密。
(二) 正式合作階段
1. 此階段通常會簽署包含保密條款的合作協議，涵蓋早期階段共享的IP，並明確取代前階段的保密協議。
2. 合作協議內的保密條款：
(1) 定義各方專有的「背景IP」清單：可透過「標題」或「識別代號」來定義營業秘密。
(2) 明定此階段有權限接觸、更改「背景IP」者，並根據第(1)項建立的內部數據庫紀錄營業秘密的接觸利用者。
(3) 「機密資訊」與否可能隨時間經過而有變動，為兼顧明確性及彈性的保密需求，宜定期根據合作目的調整保密範圍，預定各合作階段應達成的「里程碑」，並定期確認調整營業秘密分級的合理性及必要性。
(三) 「辨識」合作過程中產生的共同營業秘密
1. 在合作協議中應規範如何識別、報告及管理因合作研發產生的營業秘密等IP權利歸屬。
2. 此階段通常由專案管理經理定期了解技術進展、辨識具有價值的資訊，並指導研究人員對該等資訊予以保密。再由IP管理團隊根據前述資訊評估各項新發現技術最合適的IP保護機制。通常「營業秘密」保護的適當性是與「其他IP(例如專利、著作權)」進行比較審查。
案例：倘若合作研發的階段性成果為「程式碼」，宜留意著作權與營業秘密保護之區別：著作權之管理通常著重於程式編寫及版本之不同、而由電腦系統自動紀錄，營業秘密則不會因為電腦紀錄了程式版本而自動受到保護。此外，為與已開發產品相容性的需求，軟體之「通訊協定(communication protocol)」倘若採用「業界標準(industry standard)」、並在使用手冊中揭示部分程式，常因可輕易以還原工程等方式成為公知訊息而難以保密。倘若認為相關軟體之概念或功能具有保密之必要性，在產品推出前即應考量其管理措施。
3. 前述審查應從法律、技術及商業層面交互為之，對於可能有長遠影響及價值的資訊，應給予更高等級的保護。
(四) 合作研發期間產生之營業祕密
1. 合作研發期間產生的營業秘密在未約定權益歸屬之情形下為共有，但因為其通常涉及「背景IP」，一般會以合約規範權利歸屬及其利用方式和範圍。
2. 此時，雙方通常會根據合作關係(短期、中期或長期)、商業策略(例如商業地理位置、產業領域)約定營業秘密的歸屬持有者，並約定其他團隊成員可合法利用該資訊之範圍。
3. 倘若特定資訊對持有者之業務至關重要，也會在契約條款中包含多項條款加強保護，例如，強調資訊的保密性、限制使用範圍、及資訊的不可轉讓性，暨合作關係終止後的處理和爭議解決條款，部分領域的營業祕密範圍可能隨環境及商業需求產生變動，宜定期審視確認營業秘密的涵蓋範圍及雙方合作相關之IP管理策略有無調整必要。
(五) 合作結束後的營業秘密
宜在合作協議約定以下事項：
1. 合作結束後，誰將擁有哪些商業機密。
2. 保密義務的持續期間。
3. 不當利用營業秘密或違反保密義務的責任。
4. 對他方關係企業的效力，授權、再授權利用或轉讓情形。
四、產學合作時營業秘密的保護及利用
(一) 產學合作的比例近年顯著增加
1. 大學和公共研究機構(下統稱「學研機構」)傳統上基於教育和研究之目的強調資訊開放與共享，並透過職位晉升制度鼓勵其研究人員發表研究成果，除國家安全之考量，學研機構的IP政策通常較少涉及營業秘密之保護。而私人企業的立場則迥異，將研發成果作為營業秘密加以保護是維持競爭優勢所必須之管理策略。因此，以往企業與學研機構合作時，由於基本立場的不同，企業更須考量可能造成營業秘密洩漏的風險。
2. 近年由於學研機構對研發結果商業化的意識抬頭，學研機構在其IP政策中也開始涵蓋業秘密之保護及利用項目。各機構之政策有別，本指南特別介紹史丹福、倫敦、哥本哈根、東北及九州大學的「營業秘密保護政策」，主要共同點為：
(1) 誰可以簽署保密協議；
(2) 在哪些條件下可以允許或優先保護營業秘密；
(3) 對可能尋求營業秘密保護技術領域的任何限制；
(4) 是否以及在何種條件下可允許延遲發表研究成果；以及
(5) 學生和附屬工作人員如何參與產學合作研究。
3. 產學合作的比例在OECD經濟合作暨發展組織國家中呈現增長趨勢。2008年到2022年間產學雙方聯合提交的PCT國際專利申請案顯著增加，特別是在中國、法國、韓國和美國。此數據顯示，企業與學研機構所追求的利益和目標差距已逐漸縮小，雙方為促進研發正嘗試協同解決歧異。
(二) 學研機構將研究成果以營業秘密的形式加以保護的範例
1. 具有商業潛力的研究成果
(1) 倘若國家法律允許學研構對為其發明申請專利，對於可能提交申請專利者，學研機構通常會在其「IP政策」設定一定時期予以保密，例如評估是否申請專利、或者專利申請後公開前的階段。
(2) 對於非專利資訊但未來具有商業化發展潛力者，也可能列入保密範圍，因為可在與產業合作時成為談判的重要籌碼。
2. 與產業合作的研究成果
產學合作的形式多樣，通常業界出資或者主導研究的程度越高，對成果要求保密的程度也越高，但具體個案仍有協商可能，且可能受到學研機構既有IP政策影響：
(1) 贊助研究：通常要求在申請專利之前或者特定時期保密，但某些公立大學可能基於鼓勵自由出版的IP政策，要求保密範圍不及於校內工作人員。
(2) 共同出資合作研究：對共同研究的成果(包含營業秘密)需透過協商決定權利歸屬及其行使方式。
案例：丹麥哥本哈根大學的IP政策規定，倘合作未達到一方或雙方預期之結果，則「必須」公佈研究成果，以確保參與的校方研究人員之後仍可在相關領域進行研究，並自由與其他機構合作。企業可根據研究成果之貢獻度，決定是否可購買取得研究成果，或者由學校取得研究成果專有權、並授權企業利用。
留心：實務上，各方對共同研究的結果可能有不同的期望。因此，產學合作協議中宜將合作研究是否成功或失敗訂定由客觀因素決定，例如可衡量的里程碑或可交付成果，以避免潛在爭議。
(3) 業界委託研究
- 研究成果通常歸委託方(即業界)所有，後者通常會要求學研機構對研究結果完全保密。但根據各學研機構的IP政策，研究計畫可能有須在機構內經審查程序，以確認是否有利益衝突，或者定有研究應予發表的政策，業界委託研究前宜先留意確認並於合作協議中釐清保密義務及其範圍。
- 另一方面，對學研機構而言，受委託研究雖可取得新知，亦相對造成法律風險提高的情形。若發生營業秘密不當利用的情況，根據應適用的國家法律、學研機構IP政策和案件情況，學研機構的研究人員或機構本身也可能承擔法律責任。
3. 成立新創公司
(1) 在募資階段，以營業秘密形式保存的研究成果，可作為募集資金和建立市場地位的寶貴資產。但將產學合作之成果轉而設立新創公司後，隨著研發成果商業化之發展，學研機構、原始投資企業、獨立研究者或者創投業者等各方利益未必始終一致，而致相關資訊是否能持續以「營業秘密」之型態受到保護產生可變動風險：學研機構可能在學術教育或者商業化發展之間衡量折衷點、業界則更重視投資回收和銷售獲利，至於獨立研究者更可能因為同時扮演不同角色而與前述單位發生潛在利益衝突。應將各方利害關係人之權利義務關係以契約明文規範，並重視教育宣導營業秘密保護及其侵害之法律責任，以適度緩和營業秘密或其他IP受侵害之風險。
(2) 案例：學研機構研究人員兼職新創事業
學研機構的教授倘若以個人身分受雇於新創公司兼職創業，對於產學合作研發成果進一步研究衍生之資訊，即可能因其身兼教職、新創公司受雇員工及該領域的重要專家，而產生衍生成果是否基於學術之目的予以公開、或者因應新創公司之需求予以保密、或者是否可另與第三方合作自行新開發衍生技術之利益衝突。因此在產學合作及設立新創公司之相關合約條款中應約定學研機構參與的程度(例如：是否參與新創公司成為其股東)、定義研發成果之範圍；在營業秘密保護之部分，宜包括：營業秘密的專有權、轉讓或授權給新創公司之營業秘密範圍、新創公司可利用或揭露所取得之營業秘密範圍。各利害關係人宜定期共同審視研發成果，以確認是否有修改或增補原協議之必要。
4. 生物科技研究及材料移轉相關的營業秘密
(1) 在生技領域，研究人員可能需取得特定生物材料的實體進行研究，例如細胞、動物標本和載體。此時，通常會簽訂「材料轉移協議」，規定樣本材料的使用條件和合約到期後的材料處理等議題。
(2) 某些情形下，學研機構可能享有並被允許使用及保存與樣本相關的專有技術(例如，維持該生物材料活性的特定儲存條件與數據)，此類專有技術可成為營業秘密，作為進一步合作研究和利用的基礎，因此雙方也會附隨簽訂保密協議。
(三) 學研機構管理營業秘密需特別考量的問題
1. 學研機構通常由其技轉辦公室統一辦理包括營業秘密在內的IP相關法律及商業事務。本系列第(一)篇介紹的一般營業秘密管理措施在學研機構當然亦有適用。以下介紹學研機構在產學合作階段特別在意的議題。
2. 公開發表與未來的研究
基於教育和基礎研究的學術使命，大學特別重視保留研究成果發表之可能性(即使發表時間可能被推遲)，以及未來進一步研究和商業化的空間。有些大學會在其合作協議中提出標準化的營業秘密條款，其中可能包含延遲發表的時程及保密條款，但具體合作協議中也可能允許個案協商調整。
3. 組織管理結構
大學的內部組織和管理層級與私人企業有所不同，在制定其營業秘密管理制度時應列入考量。
4. 學生和附屬研究人員相關營業秘密管理
(1) 學生或非正式職員(如訪問學者)通常不受營業秘密等IP法規的「受雇或出資聘用條款」規範，然而此等人員卻仍可能透過校內專案研究計畫等接觸或產出具有商業價值的營業秘密。因此學研機構應制定明確的內部管理制度。
(2) 對學生方面：留意在教育、學術成果公開發表與保護敏感資訊之間取得平衡。可透過簽屬保密協議、單方聲明，或者於校方之IP政策規範：論文爭議發生時之評鑑會議不公開、在特定期間內禁止公開論文等措施，並搭配定期教育訓練宣導營業秘密之法規範措施。
(3) 對附屬研究人員：可要求其等同意與專任教職人員遵守相同的IP政策，並同時協調原派任機構亦採同一立場。