司法院為提升法院審理營業秘密案件之專業性、正確性及效率，並保護營業秘密之卷證內容，於2021年1月28日訂定「地方法院辦理營業秘密案件應行注意事項」(下簡稱應行注意事項)，並配合營業秘密法增訂「偵查保密令制度」，同步修正發布「法院辦理秘密保持命令及偵查保密令案件作業要點」(下簡稱作業要點)，期使營業秘密在司法程序之保護更完備。根據司法院新聞稿，本次修訂重點如後：
- 強化法官審理營業秘密案件專業能力：
辦理營業秘密案件的法官，每年應參加與營業秘密有關研習（應行注意事項第3點）。
- 營業秘密證據編號：
為保護營業秘密證據在訴訟過程的秘密性，法院在準備程序階段，宜先決定營業秘密代號稱呼、對應證據之名稱編號，以利法院儘速掌握營業秘密案件資訊（應行注意事項第5、26點）。
- 技術審查官輔助及專家諮詢制度：
法官如需專業知識輔助時，除得洽由智慧財產法院指派技術審查官協助外，亦得諮詢專家提供專業意見（應行注意事項第6、7點）。
- 當事人陳述意見機會：
法院為裁定禁止或限制閱覽營業秘密訴訟資料前，宜賦予當事人陳述意見機會，以保障當事人權益（應行注意事項第9點）。
- 限制閱覽營業秘密卷證之作業方式：
對於營業秘密書狀、證據及附屬文件等卷證資料，採行另編定限閱卷置放；電子卷證之複製、閱覽、交付及上傳作業，應遮隱或去識別化，以確保限制閱覽卷證內容之實效（應行注意事項第13點）。
- 裁判書遮隱或去識別化：
裁判書內容涉及營業秘密部分，應審慎遮隱或去識別化；裁判書公開前，於必要時，宜徵詢營業秘密持有人協助確認其營業秘密已適切遮隱（應行注意事項第15點）。
- 秘密保持命令或偵查保密令的卷證提出、閱覽及案件調查方式：
記載營業秘密文書及相關證據資料，宜以雙信封彌封，並於封面以明顯方式標示記載案號、股別等案件明細，單獨提出於法院，以確保其秘密性（作業要點第3點）。
- 當事人或第三人於本案訴訟提出記載營業秘密書狀等卷證，併同聲請秘密保持命令或撤銷偵查保密令案件，經准許核發秘密保持命令或撤銷偵查保密令者，法院應將聲請卷證抽離，置於另行編定的限閱卷宗及其證物袋內，並於卷面、證物袋面及箱面上為適當註記，明確區分可提供閱覽或限制閱覽的卷證資料（作業要點第10點）。
- 未受秘密保持命令或偵查保密令的當事人或第三人聲請閱覽營業秘密卷證時，未經聲請秘密保持命令之人、偵查保密令案件的承辦檢察官同意，法院不得交付卷內文書或提供檢閱卷證（作業要點第12點）。
- 秘密保持命令或偵查保密令案件之裁定，應連同送達證書以雙信封交付送達，或由當事人、應受秘密保持命令或其委任代理人親自到法院領取（作業要點第16點）。