依據現行專利權期間延長核定辦法第4條第1項及第3項之規定，申請專利權延長之期間，雖可包括國內申請藥品查驗登記審查期間，但應於此扣除「可歸責於申請人之不作為期間」。
現行專利審查基準第二篇第十一章記載：上述「可歸責於申請人之不作為期間」包括：(1)因資料不齊備、未繳納規費或衛福部審查時因資料不符取得許可證之標準，而發生須補件或補繳的補件期間，以及(2)藥品查驗登記經審查通過後，自領證通知函送達日之次日起算至實際領證日之前一日止之領證期間。第(2)種情況，下稱「領證期間」。
根據上述專利審查基準之規範，智慧財產局(下稱智慧局)過去實務做法為：在審查專利權期間延長案件時，普遍將「領證期間」視為「可歸責於申請人之不作為期間」並從可延長之期間中扣除。此一見解，曾於2024年獲得智慧財產及商業法院(以下簡稱智財法院)判決大體上之支持；請參見本所先前報導：
然而，智財法院近期判決（皆為前判決遭最高行政法院發回更審之案件）顯示：其見解已有所調整。回應最高行政法院之發回意旨，智財法院之近期判決要求智慧局在將「領證期間」視為「可歸責於申請人之不作為期間」時必須就相關事實進行說明與釐清。這些判決理由的要旨摘錄如下：
- 智慧財產及商業法院114年度行專更一字第6號判決（2026年2月）
「本件領證期間為自民國（下同）107年12月21日通知領證次日起算至實際領證日(107年12月25日)前一日計3日，然被告(即智慧局)未具體說明該通知領證至實際領證之期間是否因申請人之錯誤而重新更正刊印標籤、仿單、包裝或其他相關物品資料，抑或有無資料不齊備、未繳納規費或補正逾期等可歸責於申請人之情事，依上開最高行政法院判決意旨，尚難認該領證期間屬於可歸責於申請人之不作為期間，應不予扣除。」
- 智慧財產及商業法院113年度行專更二字第1號判決（2025年12月）
「然由於輔助參加人(即衛生福利部)及被告(即智慧局)均未具體說明該第2次通知領證至實際領證之期間，是否因申請人之錯誤而重新更正刊印標籤、仿單、包裝或其他相關物品資料，抑或有無資料不齊備、未繳納規費或補正逾期等可歸責於申請人之情事，依前揭說明，尚難謂該期間屬於可歸責於申請人之不作為期間。」
- 智慧財產及商業法院114年度行專更二字第2號判決（2025年12月）
「專利審查基準第2篇第11章第4.4.3節雖謂藥品查驗登記經審查通過後，自衛福部領證通知函送達日之次日起算至實際領證日之前1日止之期間，應屬可歸責於申請人之不作為期間等語。然上開基準規定未考量領證期間是否因申請人之錯誤而重新更正刊印標籤、仿單、包裝或其他相關物品資料，抑或有無資料不齊備、未繳納規費或補正逾期等可歸責於申請人之情事，即一概將申請人依藥品查驗登記審查準則第27條第1項規定辦理領證期間予以扣除，致使『國內申請藥品查驗登記審查期間』實際僅得計算至衛福部核發領證通知函之送達日，而非實際領證日，並未符合專利法第53條及延長核定辦法第4條規定意旨，應不予適用(最高行政法院113年度上字第565號判決意旨參照)。」
「系爭專利之專利權期間延長申請案，應扣除可歸責於申請人之不作為期間為3日，故原處分及訴願決定援引專利審查基準第2篇第11章第4.4.3節規定，認領證期間屬申請人之不作為期間，應予一律扣除，即扣除本件領證期間13日之作法，顯然不符合專利法第53條及延長核定辦法第4條規定意旨，並不可採。」
上述三件判決顯示：現行專利審查基準所載之「領證期間」為「可歸責於申請人之不作為期間」而從可延長之期間扣除之規定，其完備性遭到法院近期判決之質疑。上述判決皆要求智慧局調查釐清自通知領證至實際領證之期間內申請人有何導致延遲領證之相關情事，以確定其可歸責性，否則不能予以扣除。
上述判決中的兩件已再次上訴至最高行政法院，而現行專利審查基準相關規定並未修正，因此智慧局或將繼續維持向來之實務做法。儘管如此，對於專利權人而言，於申請專利權期間延長之案件中，應可參考上述判決見解，於智慧局程序中或後續救濟程序中，就「領證期間」之情事進行更細緻之說明，以確保爭取到更長之專利權延長期間。