一、鑒於臺灣廠商就同一商標分別授權使用於兩岸流通商品之情形頻繁，初步臚列兩岸商標授權登記制度之差異供參。
二、中國大陸的「商標使用許可及備案」程序
(一) 中國大陸將商標「授權」稱為「使用許可」，在當地進行商標授權，應留意其特有的「備案制度」。2024年10月29日中國國家知識產權局再發布「關於商標使用許可備案程序的指引」(下簡稱「備案指引」)，向公眾引導相關程序及明確備案之法律效力。
(二) 商標使用許可的類型
依許可雙方當事人所負權利義務的不同，商標使用許可主要分為以下三種類型：
(三) 商標使用許可備案準備工作
1. 為明晰註冊商標使用權歸屬，避免因約定不明確導致權利界線不清，「備案指引」建議商標使用許可合同明確約定以下內容：
(1) 商標基礎信息：包括商標註冊號、商標圖樣，倘若一合同中許可使用多件商標，也應逐件詳細列明。
(2) 商品/服務項目範圍。
(3) 許可使用形式：包括具體使用方式、地域範圍等信息。
(4) 許可期限：不應早於商標獲准註冊時間，或者超過註冊商標的有效期限。
(5) 許可類型及限制。
(6) 商品質量保障：依商標法第43條第1款及第2款規定，許可人應監督被許可人使用其註冊商標的商品質量，被許可人則應保證使用該註冊商標的商品質量;經許可使用他人註冊商標的，必須在使用該註冊商標的商品上標明被許可人的名稱和商品產地，違反此款規定者最嚴重可能受到工商管理部門責令停止銷售、並課以罰款之處罰1。
(7) 違約責任及處理方式等。
2. 特殊商標應備妥合法有效的證明文件：例如使用在藥品、菸草商品的商標，須先取得主管部門批准始能從事相關行業或者生產相關商品，因此商標使用許可備案時應一併檢附該等合法有效性證明文件。
(四) 備案的意義及效力
1. 備案與否不影響合同的效力：與商標轉讓不同，商標使用許可合同除另有約定外，經適格主體以真實意思表達協商一致簽訂時即生效力，合同的效力並不受備案與否影響。
2. 未經備案不得對抗善意第三人：依其商標法第43條第3款規定：「許可他人使用其註冊商標的，許可人應將其商標使用許可報商標局備案，由商標局公告。商標使用許可未經備案不得對抗善意第三人。」2
3. 備案的意義：
(1) 對許可人而言：
a. 商標真實使用之佐證：在商標撤銷或者搶註爭議案，倘若商標權人希望維持授權合約之隱密性但之同時提出商標真實使用之佐證，即可利用商標使用許可備案證明。
b. 降低被挑戰商標使用與否的機率：另一方面，使用許可備案資訊既經商標局公告周知，可能降低第三方對許可使用商標提起三年未使用撤銷案的機率。
(2) 對被許可人而言：
a. 合法使用商標之初步憑證：實務上，商標局出具的「商標使用許可備案通知書」地方工商行政管理部門進行查處等程序時可被初步證明被許可人有合法權利使用相關商標而不構成侵權。
b. 進駐商家之審核文件：在被許可人擬申請入駐電商平台或實體店時，「商標使用許可備案通知書」經常被要求檢附作為申請必備文件。
c. 行使訴訟排他權之證明：備案文件也賦予排他或獨占使用之被許可人向人民法院提起訴訟之權利。
(3) 有利於向海外匯出商標權利金：就海外企業而言，未經辦理商標使用許可備案之授權權利金，無法匯出大陸境外(包括香港)。
三、比較臺灣的商標授權制度
(一) 臺灣商標授權的類型
1. 根據臺灣商標法3，主要的商標授權類型如下：
2. 獨家授權：臺灣實務另有所謂獨家授權之約定，雙方於契約中約定，商標權人同意僅將商標授權單一被授權人使用。但此種授權並非專屬授權性質，因此商標權人的一切權能均不受影響。商標權人為「獨家授權」後，如就授權範圍重複授權，僅應負契約不履行責任。但不影響已授權第三方、甚至已進行授權登記之效力。
(二) 在臺灣辦理商標授權登記的效力
臺灣法律對於商標授權採取登記對抗制度，法條規定「未經登記不得對抗第三人」(商標法39條第2項及40條第3項參照)。就前述法律規範具體如何適用，以往曾有不同見解，近期實務認為：「所謂登記對抗，係指各種不同權利間，因權利具體行使時會發生衝突、矛盾或相互抗衡之現象，而以登記為判斷權利歸屬之標準。就商標權之取得以觀，取得商標權之註冊登記為登記生效主義，而就權利重複讓與、讓與與信託、信託與設質、讓與與授權、信託與授權等不同法律行為與權利變動間，均可能發生對抗之問題係採登記對抗主義。其規定意旨在於保護交易行為之第三人，並非侵權行為人，是所謂非經登記不得對抗第三人，係指當事人間就有關商標權之讓與、信託、授權或設定質權之權益事項有所爭執時，始有其適用，而非不得對抗任何第三人」。因此，商標侵權人非屬交易行為之第三人，並無登記對抗原則之適用，商標專屬被授權人即使未經授權登記，仍得對之提起商標侵權訴訟4。
四、前述比對顯示，兩岸就商標使用許可／授權登記制度之程序規範並不完全相同，雖然都採取登記對抗主義，惟法條規範抽象，各自對於「善意第三人」或者「登記對抗的適用範圍」有不同的解讀方式，跨國貿易業者為避免各種解讀差異，無論是授權方或者被授權方仍宜辦理備案/登記以杜爭議，且應留意交易地點，相應根據該地法律辦理，並在契約中明訂締約各方對於各地之登記配合義務項目(如名稱變更、撤回或者提前終止備案等)，以免因程序未辦理完備影響權益。
1 中國大陸商標法實施條例第71條：「違反商標法第43條第2款規定的，由工商行政管理部門責令限期改正；逾期不改正的，責令停止銷售，拒不停止銷售的，處10萬元以下的罰款。」
2 中國大陸商標法第43條全文：「商標註冊人可以透過簽訂商標使用許可合同，許可他人使用其註冊商標。許可人應監督被授權人使用其註冊商標的商品品質。被授權人應保證使用該註冊商標的商品品質(第1款)。經許可使用他人註冊商標的，必須在使用該註冊商標的商品上標明被許可人的名稱和商品產地(第2款)。許可他人使用其註冊商標的，許可人應將其商標使用許可報商標局備案，由商標局公告。商標使用許可未經備案不得對抗善意第三人(第3款)。」
3 臺灣商標法第39條規定：「商標權人得就其註冊商標指定使用商品或服務之全部或一部指定地區為專屬或非專屬授權(第1項)。前項授權，非經商標專責機關登記者，不得對抗第三人(第2項)。授權登記後，商標權移轉者，其授權契約對受讓人仍繼續存在(第3項)。非專屬授權登記後，商標權人再為專屬授權登記者，在先之非專屬授權登記不受影響(第4項)。專屬被授權人在被授權範圍內，排除商標權人及第三人使用註冊商標(第5項)。商標權受侵害時，於專屬授權範圍內，專屬被授權人得以自己名義行使權利。但契約另有約定者，從其約定(第6項)。」
同法第40條規定：「專屬被授權人得於被授權範圍內，再授權他人使用。但契約另有約定者，從其約定(第1項)。非專屬被授權人非經商標權人或專屬被授權人同意，不得再授權他人使用(第2項)。再授權，非經商標專責機關登記者，不得對抗第三人(第3項)。」
4 智慧商業法院103年度民商上字第14號民事判決意旨參照。