台灣發明專利申請案之審查程序分成二個階段，即初審審查階段與再審查審查階段。在審查上，申請人對發明申請案提出實體審查後，申請案會進入初審審查階段，智慧局審查後若有核駁理由，至少會發下一次初審審查意見通知函，讓申請人有機會提出申復與修正。智慧局在初審階段若認為該申請案不存在有不准專利理由，會發出初審核准審定書；若申請人所為之申復與修正仍無法克服核駁理由，智慧財產局就可能發下初審核駁審定書，此時初審審查階段終結。申請人若對初審階段之核駁審定結果不服，須在二個月內向智慧局提出再審查，並提出理由書以及／或修正，同時繳交再審查審查規費，以讓發明申請案進入再審查階段。再審查階段由不同於初審階段的審查人員進行審查，審查流程上類似初審審查階段，再審查委員審查後若有核駁理由，至少會發下一次再審查審查意見通知函，讓申請人提出申復與修正。再審查委員經審查後會發出再審查核准審定書或再審查核駁審定書，此時再審查程序終結。申請人若收到再審查核駁審定書後對此結果不服，只能提出行政救濟，即提出訴願與行政訴訟（詳參下述圖式）。
台灣智慧局目前初審階段與再審階段審查速度，依2023年智慧局財產局出版的年報，發明案件在初審階段平均首次收到初審審查意見通知之期間是8.9個月，平均審結期間約14.4個月。再審查階段首次收到再審查審查意見通知為10.1個月，平均審結期間約13.1個月。惟，專利申請人因案件技術性質或隨時間推移專利佈局需求或有變化，申請人在專利申請過程中會有加快審查作業與延緩審查作業之需求。因應此等需求，智慧局在發明專利提供下述作業。
I、發明加速審查
台灣專利申請加速審查類型如下，分成下述三種型類：
（A）專利審查高速公路(PPH)，
目前專利申請人在專利佈局上多半是多國申請，為能有效利用國外對應案之檢索與審查結果，在國與國之間就有所謂的專利審查高速公路(簡稱PPH)，此即若申請人首次向一專利局(第一申請局，Office of First Filing)並有檢索與審查結果，此等檢索與審查結果可為之後向其它國家申請之第二申請局(Office of Second Filing，簡稱OSF)所參考。換言之，即只要是相互簽訂PPH計畫之其中之一專利局先有審查結果，如有可准請求項，申請人均得以利用，向另一局提出加速審查申請。
在台灣的PPH計畫中又可以分成一般型PPH與增強型PPH。台灣只有與美國之間的PPH態是一般型PPH；台灣與其它國家，含日本，西班牙，韓國，波蘭與加拿大等國皆是增強型PPH（PPH MOTTAINAI）。增強型之專利審查高速公路(PPH)計畫是其放寬了原本一般型PPH的僅可適用上的限制，即增強型PPH不限制僅有第一申請局(Office of First Filing，簡稱OFF)的檢索與審查結果才可為第二申請局(Office of Second Filing，簡稱OSF)所參考，即只要是相互簽訂PPH MOTTAINAI 計畫之其中之一專利局，不管是第一申請局或第二申請局先有審查結果，申請人均得以利用之，向另一局提出加速審查申請。
另外，請求PPH申請時，需注意台灣申請案之請求項，若有必要，需修正，以充分對應到所據以請求PPH國外對應案已達到可核准的一項或多項請求項。
此外，請求PPH時點上，PPH原則是在初審階段請求，是收在函將進行審查後但在尚未發出首次審查意見通知函。但例外情況可在再審查階段請求，即請求PPH案件本身是分割案且該分割案因接續行母案審查程序而直接自再審查階段開始審查，此分割案是例外可在再審查階段提出PPH。PPH若在再審查階段請求，仍必須是完成再審查程序並收在函將進行再審查後但在尚未發出再審階段之首次審查意見通知函。
（B）發明專利加速審查作業方案（AEP）之加速審查
除了PPH之外，發明專利申請案合下列所述四種事由之ㄧ者，申請人亦可提發明專利加速審查作業方案（以下簡稱AEP）來加快審查：
事由 1：外國對應申請案經外國專利局實體審查而核准者。
事由 2：外國對應申請案經美日歐專利局核發審查意見通知書及檢索報告但尚未審定者。
事由 3：為商業上之實施所必要者。
事由 4：所請發明為綠色技術相關者。所謂綠色技術相關之專利申請案是指 (1) 涉及節省能源技術、新能源、新能源汽車等技術領域之發明專利申請案。(2) 涉及減碳技術及節省資源使用之發明專利申請案。
AEP的請求與PPH請求相同，皆在經本局通知即將進行實體審查或再審查後方可為之。但不同的是，AEP請求事由含諸如商業上實施等，因此，即使申請人收首次審查意見通知函之後仍可為之。惟，對該申請案已被核發過審查意見通知函要求申請人限縮其申請專利範圍，且申請人亦已進行限縮，致該案修正成較狹窄之申請專利範圍者，申請人不得以事由1外國核准範圍較國內申請案已修正之申請專利範圍大之外國案核准文件，為加速審查之依據。
（C）再審查階特有的發明再審查案加速審查(簡稱AEP-Re)。
如下圖示，經初審審查後不服之案件才會進入再審查程序，若是在再審查時所提出修正是完全釋除了在初審核駁審定書所提出的全部具體理由，2024年9月智慧局就此等再審查案件新增了所謂的發明再審查案加速審查，英文簡稱AEP-Re。
如圖式流程中所示，申請人收到初審核駁審定後，提出再審查理由書並為請求項修正。若是修正內容是(1)刪除具有不予專利事由的請求項，或(2)單純將初審核駁審定書中無不專利事由的附屬項改寫為獨立項時，申請人可提出再審查案加速審查（以下稱AEP-Re），以讓此類型案件更快速地被審查。前述的修正內容除了伴隨修正調整項號，依附關係，若有需要，更可以新增附屬項。惟，AEP-Re提出時點提出再審查收到即將進入再審查之公函之後才可提出，但需在收到智慧局發出第一次再審查審查意見通知函之前為之。此申請只需提出申請書並聲明表示修正內容符合AEP-Re要件即可，並無官方費用。申請人若提出此請求，智慧局若認定符合AEP-Re要件，就會加速審查並在6個月內發出再審查審查意見書或者再審核准審定書。若智慧局認定不符合AEP-Re要件，亦會發函通知申請人，案件仍依正常程序進行審查。
II、發明延緩審查
發明申請案，除了可以請求上述加速審查之外，若有必要，亦是可以請求延緩審查。專利申請案請求延緩審查的時點，與前述PPH請求之時點相同，在初審階段，必須是收到函將進行審查後但在尚未發出首次審查意見通知函；再審查階段請求，則必須是收到函將進行再審查後但在尚未發出再審階之首次審查意見通知函。
申請延緩審查，申請人需指定續行實體審查日期，但不論是初階階段或再審查階段，該續行實體審查日期，最多只能等於申請案之申請日起算三年之日。又，發明專利申請案若有第三人申請實體審查，或申請人對於該案已提出PPH或AEP的請求後，該申請案就不能請求延緩審查。此外，請求延緩審查後，申請人得撤回延緩實體審查之申請。 但撤回申請後，不得再申請延緩實體審查。申請人申請延緩實體審查後，得變更續行實體審查日期。但變更後之日期，仍需在落在申請案之申請日三年內。
由上述內容可以了解，台灣發明申請人有多種不同態樣的加速審查可以讓申請人靈活運用，以儘早取得專利保護。同樣地，申請人已請求實審後，例如，申請同時即請求審查，嗣後有意延緩審查，只要案件尚未被發出審查意見通知函，皆可以提出請求，惟需注意，延緩審查最多只能延緩到申請日後三年之時間。
