台灣是半導體與光電等高科技產業的重鎮，在晶圓代工與液晶顯示器的製造更具備國際競爭力。相關高科技製造業為了研發、改良並取得最先進的製程技術，常與外國的設備供應商合作，除了支出大量資本進口機器設備以外，也常與這些外國設備公司進行技術合作，取得專利及技術授權。由於此類交易常會涉及由國內公司支付權利金予外國公司，此時應否辦理權利金的稅款扣繳？即成問題。本文以近期最高行政法院109年度判字第31號判決為例，來加以說明。
按外國公司有我國之來源所得者，應就其在我國境內之營利事業所得課徵營利事業所得稅(所得稅法第 3 條第 3 項)。所得稅法進一步定義我國之來源所得包括「…六、專利權、商標權、著作權、秘密方法及各種特許權利」在我國供他人使用所取得之權利金(所得稅法第8條第6款)。針對所得稅法第8條第6款所指權利的範圍，財政部所發布「所得稅法第8條規定中華民國來源所得認定原則」第7點從廣義闡釋，除了專利權、商標權、著作權等常見的智慧財產權授權以外，包括外國公司在我國所授權之「 (二)未經登記或註冊之秘密方法或專門技術等無形資產：包括…有關工業、商業或科學經驗之資訊或專門知識…及其他具有財產價值之權利。…」(即Know-How)的權利金收入在內，都需課徵營利事業所得稅。至於稅款的繳納，依所得稅法第88條及第89條規定，給付外國公司的權利金應依規定的扣繳率辦理扣繳，且我國公司的負責人即為扣繳義務人。在扣繳稅率部分，若無其他優惠時(詳後述)，依財政部發布之各類所得扣繳率標準第3條第1項第6款之規定均應按20%扣繳率辦理扣繳。上開有關外國公司的規定，透過台灣地區與大陸地區人民關係條例第25條等相關規定，於給付大陸公司權利金時亦有適用。
最高行政法院109年度判字第31號案件的上訴人，當時為國內一家真空鍍膜製程設備(主要應用於生產觸控面板及太陽能電池等)公司的負責人，故屬所得稅法所規定之扣繳義務人。該公司於2012年8至12月間，曾給付一家大陸地區設備公司權利金新臺幣(下同)251,050,449元，但並未依規定依20%扣繳率扣取稅款50,210,089元，案經被上訴人即財政部南區國稅局查獲，乃依所得稅法第114條第1款規定，責令該負責人限期補繳應扣未扣稅款50,210,089元並補報扣繳憑單。惟該負責人於訴訟中始終主張，其所給付予大陸公司、包含該被指為權利金的251,050,449元部分在內的總交易金額380,938,780元，應全屬購買機器設備的成本，其中並無任何權利金的成分，故並無扣繳稅款問題。該負責人主要提出相關交易安排的合約以為佐證。
針對應否扣繳稅款50,210,089元部分，最高行政法院維持原審高雄高等行政法院的認定，不採信負責人的說法，主要理由為該我國公司曾在2012及2013年度的財務報導中，及該二年度營利事業所得稅結算申報，皆將該筆251,050,449元列報為無形資產-專門技術，並自2013年起提列攤銷；且相關金額也是出自該我國公司所委託二家財務管理顧問公司所出具的資產評價報告所估得─交易總額380,938,780元中，固定資產即設備(Equipment)部分價值為129,888,331，而無形資產即專門技術(Know-How)部分價值則為251,050,449元；另在交易合約當中，也存有技術授權協議的章節。
由本件案例可以了解，當國內公司向外國公司購買機器設備時，若所付款項實質上只是單純的設備購買成本，不涉及任何技術合作與授權，則在交易合約的安排上應特別注意，宜避免如案例事實的情況，將技術授權協議訂定為契約的一部分，甚至為了財務報導、報稅或任何其他目的而列報或自承有給付外國公司權利金。否則依照上述稅法規定，即需要辦理20%的扣繳，如此買賣雙方勢必需要在議定交易價格時便將扣繳稅款因素納入考量。
至於20%的扣繳稅率，在某些情況下可能有租稅減免的優惠可茲適用。例如，我國目前與 32 個國家簽署有租稅協定，依與各國租稅協定之權利金上限稅率所制定之扣繳稅率將會低於其他無租稅協定國家的20%扣繳稅率(參見 https://www.mof.gov.tw/Eng/singlehtml/191?cntId=63931)。另外，若外國公司的技術提供係透過在台服務人員的勞務施作來取得報酬者，則性質上並非屬收取權利金而是依所得稅法第25條第1項技術服務報酬的規定，也可能透過本條公式型所得推估而取得較佳稅率。最後，所得稅法第 4 條第 1 項第 21 款就給付外國事業之權利金或技術服務報酬在一定前提條件下有免稅的規定。然而應注意上述租稅減免，皆需事前申請甚至專案核可方可能獲得優惠。